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提速近10倍！基于深度学习的全基因组选择新方法来了******

　　近日，中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用，将助力深度学习在全基因组选择中的应用，为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物（Molecular Plant）》上。

　　全基因组选择作为新一代育种技术，通过构建预测模型，根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择，从而缩短育种世代间隔，加快育种进程，节约成本，推动现代育种向精准化和高效化方向发展。

　　统计模型作为全基因组选择的核心，极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型，难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。

　　相较于传统模型，非线性模型（如深度网络神经）具备分析复杂非加性效应的能力，人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机，深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。

　　该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料，通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。

　　与其他五种主流预测方法相比，该方法有以下优点： 可以利用多组学数据开展全基因组预测；算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构，可以有效降低模型错误率，提高运行速度；预测精度稳健，在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当，在大规模数据集上预测优势更加明显；计算时间与传统方法相近，比已有深度学习方法提速近10倍；超参数调整对用户更加友好。

　　该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。

学术支持

中国农业科学院作物科学研究所

记者

宋雅娟

长三角示范区生态环境一体化典型案例发布******

　　元荡岸线整治前　长三角一体化示范区执委会供图

　　中新网上海1月10日电 (浦帆)近日，长三角一体化示范区执委会(以下简称“执委会”)联合两省一市三级八方相关部门编印发布了《示范区生态环境一体化保护典型案例》。《案例》共收集整理了示范区三年来形成的加强联保共治、夯实生态基底、推动绿色发展三个方面，22项制度创新成果和46个典型案例(应用场景)，展示各部门打破行政藩篱，共同探索跨区域生态环境一体化保护制度创新的实践成果。

　　元荡岸线整治后 长三角一体化示范区执委会供图

　　此外，《案例》同时优选、收录了加强跨界水体联合共治、生态环境一体化保护、厚植生态优势转化基底、推动绿色创新融合发展等各种类型的应用场景和典型案例，与制度创新成果配套，是一套较为系统地总结提炼示范区生态环境一体化保护创新实践案例经验集成文本图集，也是对示范区生态环保工作阶段性成效的一次集中展示。

　　示范区首次联合生态监测启动和现场采样长三角一体化示范区执委会供图

　　在联保共治方面，示范区作为两省一市的跨界毗邻地区，在水污染防治等方面的合作由来已久。示范区成立以来，执委会主动协调，构建两省一市各扬所长、充分共商、联合创制、统一管理的生态环境联保共治体系，持续探索和巩固跨界水体联保共治新机制、新模式。随着全方位联保共治机制的不断深化，示范区环境质量尤其是重点跨界水体水质持续稳定改善，太浦河跨省界断面水质连续三年年均值达到Ⅱ类以上，淀山湖、元荡等重点跨界湖库已经提前达到2025年水质功能目标。

　　示范区大气超级站科学观测网长三角一体化示范区执委会供图

　　在生态环境管理制度统一方面，示范区始终坚持把保护和修复生态环境摆在优先位置。以生态环境标准、监测、执法“三统一”制度创新等为重点，持续探索和深化完善生态环境保护一体化制度创新，协同构建示范区生态环境一体化监测网络，不断健全示范区生态环境一体化保护体系。与此同时，围绕构建示范区“一心两廊三链四区”的多样化生态格局，示范区加快实施“一河三湖”岸线生态修复和功能提升工程，开展全域环境治理和生态修复，丰富生境和物种类型，维护和提升生物多样性，持续筑牢示范区生态基底。

　　在推动绿色发展方面，加快探索绿色创新融合发展路径。示范区三年来坚持筑牢示范区生态绿色本底，持续加大投入，示范区越来越优良的生态绿色基底，已经吸引了华为研发中心、复旦大学创新学院、浙江大学智慧绿洲、同济大学可持续发展研究院、英诺赛科半导体等一批创新研发高等级平台、项目落户，示范区绿色创新融合发展能级效应正不断放大。(完)

　　（文图：赵筱尘 巫邓炎）