提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
1月8日零时起珠澳和珠港口岸通关措施有调整******
中新社珠海1月5日电 (记者 邓媛雯)珠海市新型冠状病毒感染疫情防控指挥部办公室5日发布《关于调整珠澳、珠港口岸通关措施的通告》称,从1月8日零时起,珠澳、珠港口岸通关措施有调整。
通告称,依据中国国务院联防联控机制综合组《关于对新型冠状病毒感染实施“乙类乙管”的总体方案》和相关配套文件精神,现就调整珠澳、珠港口岸通关措施通告如下:
一、珠澳方向
(一)2023年1月8日零时起,自澳门入境人员,7日内无外国或其他境外地区旅居史人员,自澳门前往珠海无需凭核酸检测阴性结果证明入境。7日内有外国或其他境外地区旅居史人员,自澳门前往珠海需凭48小时核酸检测阴性结果证明入境。
(二)2023年1月8日零时起,自珠海进入澳门无需凭核酸检测阴性结果证明出境。
(三)2023年1月8日零时起,维持现行出入境人员凭粤康码“通关凭证”通关的措施,但生成“通关凭证”不与核酸结果相关联。
二、珠港方向
(一)2023年1月8日零时起,经珠港口岸进出境的旅客(跨境学童除外),在出行前48小时需进行核酸检测,凭核酸检测阴性结果通关。
(二)经珠港口岸进出境的旅客应成功购买车船票后方可前往口岸,自驾车往返的旅客需提前预约。(完)
(文图:赵筱尘 巫邓炎)